赔偿2000元不可直接从工资中扣除社保。赔偿金应以应开工资为基准计算。依据《工资支付暂行规定》等相关法律法规，社保扣除前的工资为应开工资，赔偿金应基于此计算。若直接从实开工资中扣除，可能违反规定且影响员工权益.